1543年5月24日，哥白尼的不朽著作《天体运行》几经周折，终于出版，可是当样书送到哥白尼手里时，这位伟大的科学家已处于弥留之际，无力校正被教会篡改了的章节，使教会的阴谋暂时得逞。
哥白尼根据前人研究的成果和自己30多年对天体的实际观察和计算，创立了“日心说”,说明地球和其他行星围绕太阳转，地球又以地轴为中心自转。这和当时唯心主义的“地球中心说”相违背。当时教会把“地心说”和上帝的“创世说”联在一起，编造一套“目的论”的谎话，说全能的上帝为了使人类得到光明和温暖才创造出各种天体，宇宙是以地球为中心的。因此，哥白尼的学说，受到教会的极端仇视，教会对哥白尼进行各种迫害，企图迫使他放弃“日心说”,遭到哥白尼的拒绝。他们无耻地利用手中的权力，篡改了哥白尼的着作，把哥白尼的序砍掉，换上一个伪序，伪序宣称“日尽”不过是一种假设，一个臆断……阉割了哥白尼学说的唯物主义内容。
但是，真理的光芒是遮不住的。“日心说”学说，终于为全世界所公认。而且，19世纪中期，哥白尼的《天体运动》原稿在布拉格的一家私人图书馆里被发现。1873年出版的《天体运行》，增补了原序，但有关原子学说的章节未能补入；1953年出版的《天体运行》，才把原有章节全部补上。这样，经历了410年的曲折过程，被阉割了的《天体运行》，终于恢复了本来的面貌。教会的可耻的阴谋破产了，真理胜利了。
成书与出版过程
在1515年前，哥白尼为阐述自己关于天体运动学说的基本思想撰写了篇题为《浅说》的论文，他认为天体运动必须满足以下七点：
、不存在一个所有天体轨道或天体的共同的中心。2、地球只是引力中心和月球轨道的中心，并不是宇宙的中心。3、所有天体都绕太阳运转，宇宙的中心在太阳附近。4、日地距离同天穹高度之比，就如同地球半径同日地距离之比一样渺小。地球到太阳的距离同天穹高度之比是微不足道的。5、在天空中看到的任何运动，都是地球运动引起的。6、在空中看到的太阳运动的一切现象，都不是它本身运动产生的，而是地球运动引起的。地球带着大气层，象其他行星一样围绕太阳旋转。由此可见，地球同时进行几种运动。7、人们看到的行星向前和向后运动，是由于地球运动引起的。地球的运动足以解释人们在空中见到的各种现象了。
此外，哥白尼还描述了太阳、月球、三颗外行星（土星、木星和火星）和两颗内行星（金星、水星）的视运动。书中，哥白尼批判了托勒密的理论。科学地阐明了天体运行的现象，推翻了长期以来居于统治地位的地心说，并从根本上否定了基督教关于上帝创造一切的谬论，从而实现了天文学中的根本变革。但是哥白尼认识到《浅说》中的论断是假设的方式提出的，且他的模型所用数据并非亲自观测得出，放缺乏可信度。
1515年，哥白尼便开始着手准备撰写《天体运行论》这一更为完整的论着。十几年来，哥白尼进行了大量的天文观测，收集了大批资料，终于在1533年完成了这部巨着的初稿，随后，他又长期进行观测、验证、修改，使得他的宇宙体系更具说服力，成为一种科学理论。
《天体运行论》的第一卷是全书的精髓，先后论述了“宇宙是球形”、“大地也是球形”、“天体的运动是均匀永恒之圆运动或复合运动”.哥白尼说，“天体的这种旋转运动对于球来说是固有的性质，它反映了球形的特点。
球这种形状的特点是简单、没有起点、也没有终点，旋转时不能将各部分相区别。而且球体形状也正是旋转作用本身造成的。”
哥白尼赞同毕达哥拉斯学派的主张，即应当用简明的几何图象来表示宇宙的结构和天体的运行规律。在第一卷的第十章中，哥白尼正确地将行星以及地球绕日运转轨道进行排列，并刊载了他的宇宙模型图。这张我们现在看似普通的天球次序图，在当时却是人类认识宇宙的一次巨大的飞跃。
哥白尼在《天体运行论》中还详细讲解了地球的三种运动（自转、公转、赤纬运动）所引起的一系列现象，岁差现象、月球运动、行星运动的及金星、水星的纬度偏离和轨道平面的倾角。《天体运行论》的诞生使当时所知道的太阳系内天体的位置和运状况更为完整了。
1542年，哥白尼给教皇保罗三世写了一封信，寻求教皇的庇护。他相信教皇将用自己的威严与威望保护他，令他的学说免遭谴责。然而，这一切并没有如他所愿，这封哥白尼用来做为《天体运行论》序言的信却只是起到引子的作用。
1542年6月，《天体运行论》和排印工作开始进行，负责这本书出版事宜的奥西安德尔却按自己的意愿写了一篇没有署名的序言，说明书中的学说只是为了计算星历表之便而采用的假设，不一定和实际情况相符。这也是在《天体运行论》出版后几十年时期内很少人重视哥白尼理论的一个重要原因。哥白尼的学生雷蒂库斯对此事感到十分愤概，他曾多次要求着作的出版人发行改正版，但这些要求都未能实现。
1543年5月24日，弥留之际的哥白尼终于见到刚刚出版的《天体运行论》，可惜当时的他已经因为脑溢血而双目失明，他只摸了摸书的封面，便与世长辞了。
由于哥白尼的学说触犯了基督教的教义，遭到了教会的反对。他的着作更是被列为禁书。但真理是封锁不住的，哥白尼的学说后来得到了许多科学家的继承和发展。1882年，罗马教皇不得不承认哥白尼的学说是正确的。这一光辉学说经过三个世纪的艰苦斗争，终于获得完全胜利并为社会所承认。
